Quá trình chế biến bánh cốm Nguyên Ninh có tính chất phức tạp. Ngay từ khâu chọn nguyên liệu, người làm phải chọn loại cốm, đỗ xanh một cách cẩn thận. Người nhà Nguyên Ninh cho biết, khâu quan trọng nhất là cách xào cốm.[4] Thành viên trong nhà cũng phải học nhiều năm mới có thể xào cốm thành thạo để cho ra những chiếc bánh đảm bảo hương vị.[1] Nét đặc trưng riêng của bánh cốm hiệu này là hoàn toàn không pha bột, chỉ làm bằng cốm nguyên chất và không xay để tránh mất hương vị. Tờ VnExpress cho rằng việc bỏ qua công đoạn xay mà vỏ bánh vẫn dẻo mịn là "bí kíp gia truyền" của hiệu bánh này.[1]

Để có được món bánh cốm chất lượng, gia đình Nguyên Ninh đã sử dụng các nguyên liệu cốm từ làng Vòng tại Hà Nội, làng Lũ tại Thái Bình. Nhân bánh là đậu xanh được lấy từ Sơn La, Bắc Giang.[6] Bánh cốm thương hiệu này vốn không có chất bảo quản nên chỉ giữ được trong 4 ngày.[6] Đậu xanh dùng làm nhân bánh phải được lựa chọn kỹ, hạt mẩy đều, thêm các loại phụ gia như mứt sen trần, dừa nạo. Cốm được ướp theo cách riêng rồi đem xào trên chảo nóng với đường kính khoảng 2 tiếng đến khi hạt nếp quện lại nhưng vẫn phải giữ được màu xanh, sau đó được nhỏ vài giọt nước cất hoa bưởi để tạo thêm hương vị.[3]